首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥最好单独施用。
生物有机肥与农家肥（生鸡粪）、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全（根据瓜果种类不同合理配比）。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多（18个氮、 46个磷），复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
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